Juba — La réponse soutenue du Soudan du Sud à l’épidémie de choléra a permis de réduire les nouveaux cas et d’éviter environ 94 000 décès depuis la confirmation de l’épidémie il y a plus de deux ans, en septembre 2024.

En collaboration avec les départements gouvernementaux, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) et ses partenaires, le ministère de la Santé du Soudan du Sud a activé une réponse multisectorielle dans les 24 heures suivant la confirmation de l’épidémie. Cela a entraîné une diminution du nombre de nouveaux cas, passant d’une moyenne de 1 000 cas au pic de l’épidémie en décembre 2024 à 114 cas durant la dernière semaine de septembre 2025. Le nombre de comtés touchés est passé de 55 à 12 sur la même période, et l’épidémie est désormais circonscrites à 29 des 517 payams (divisions administratives).

Dès le début, le Centre national des opérations d’urgence de santé publique a réactivé les équipes nationales d’intervention rapide. Ces équipes composées de sept membres ont été déployées dans les comtés pour mener des investigations, évaluer la capacité locale de gestion de l’épidémie et recommander des déploiements d'urgence afin de combler le déficit.

Les intervenants de premières lignes ont effectué des missions d’une semaine dans 45 des 55 comtés touchés. Dans 25 comtés nécessitant un appui additionnel, des équipes ont été déployées en moyenne pendant quatre semaines. Les principaux domaines d'intervention incluent la prise en charge médicale, les analyses de laboratoire, la prévention et le contrôle des infections, l'amélioration de l'approvisionnement en eau, de l'assainissement et de l'hygiène, ainsi que la communication des risques et l'engagement communautaire.

Le pays a renforcé sa surveillance épidémiologique dans les zones touchées, notamment en formant tous les agents de surveillance des états et des comtés à l’utilisation de tests de diagnostic rapide du choléra et en les mettant à disposition. Ces tests ont été utilisés pour au moins 5 à 10 cas de diarrhée aqueuse aiguë détectés au début de chaque semaine. La surveillance sanitaire comprend également la recherche active de cas et de décès avec l’appui des agents supplémentaires dans les communautés à haut risque, notamment parmi les réfugiés et les personnes déplacées.

La prise en charge a été renforcée grâce à l’expansion rapide des sites de traitement, à la formation communautaire, à la préposition de fournitures et à l’amélioration des soins cliniques pour la déshydratation sévère — ce qui s’est traduit par une baisse modeste mais significative des décès dans les centres. Les autorités sanitaires ont mis en place 19 centres de traitement du choléra et 88 unités de traitement dans tout le pays, améliorant l’accès aux soins pour les cas légers à sévères. En plus, des unités auparavant non fonctionnelles — comme celle de l’hôpital du comté de Nasir — ont été réouvertes pour renforcer la capacité locale en termes d’hospitalisation.

Le ministère de la Santé et les départements sanitaires des comtés, avec l’appui technique de l’OMS, ont formé les agents de santé communautaires à la prise en charge des cas légers dans les zones reculées et difficiles d’accès, et ont installé 102 points de réhydratation orale, améliorant ainsi la réhydratation précoce et les références.

Les campagnes de vaccination orale contre le choléra ont été menées dans 46 des 48 comtés ciblés, avec un total de 8,6 millions de doses administrées (soit 87 % de couverture). Des campagnes de rattrapage ont également été menées dans 11 comtés, touchant 234 000 personnes (soit 98 % de couverture). Le Soudan du Sud mène actuellement une enquête post-campagne afin de documenter les raisons pour lesquelles certaines personnes n'ont pas été vaccinées, dans le but d'améliorer les campagnes futures.

Tout au long de l’épidémie, l’OMS a soutenu le ministère de la Santé en renforçant et en standardisant les pratiques de surveillance, les protocoles de laboratoire et les directives de prise en charge des cas, ainsi que la planification et la mise en œuvre des campagnes de vaccination orale, sans oublier la communication multimédia sur les risques et l’engagement communautaire.

L’OMS a également contribué de manière significative à l’installation et au fonctionnement des centres de traitement du choléra et a aidé à coordonner les opérations de réponse via le Centre des opérations d’urgence. L’Organisation a livré environ 80 tonnes de fournitures médicales d’urgence, augmentant la capacité du pays à traiter jusqu’à 88 000 cas légers et sévères.
Le Dr Kennedy Ganiko, secrétaire général du ministère de la Santé, souligne l’ampleur de l’effort collectif.
« La vaccination orale contre le choléra dans 46 comtés, l’amélioration des algorithmes de traitement et de dépistage, le renforcement de la prévention et du contrôle des infections, de l’approvisionnement en eau, de l’assainissement et de l’hygiène, ainsi que l’expansion de la surveillance ont contribué à protéger les communautés et à sauver des vies », a-t-il indiqué appelant à un engagement soutenu jusqu’à l’interruption complète de la transmission.

Il s’agit de la plus grave et de la plus longue épidémie de choléra depuis l’indépendance du pays en 2011. Elle a débuté à Renk, une ville frontalière accueillant de nombreux retournés et réfugiés fuyant le conflit au Soudan voisin, où la transmission du choléra était déjà en cours. Les mouvements de population ont facilité sa propagation rapide.

Au pic de la transmission, entre septembre 2024 et janvier 2025, le pays a signalé plus de 27 000 cas et 472 décès dans 40 comtés. À ce jour, près de 70 000 cas supplémentaires et plus de 1 100 décès ont été enregistrés. Les zones à forte densité accueillant des populations déplacées ont été particulièrement touchées, et l’ampleur ainsi que la durée de l’épidémie ont accru la pression sur un système de santé déjà fragile.

Les contraintes pesant sur le système de santé incluent de multiples épidémies et des urgences liées au climat, notamment les inondations ayant affecté 63 centres de santé et déplacé environ 230 000 personnes. Une situation qui se déroule dans un contexte de crise humanitaire prolongée, d’une crise économique aggravée par une baisse du financement, d’infrastructures de transport déficientes et d’un accès restreint dans certaines zones.

« L’expérience du Soudan du Sud met en évidence l’importance d’investir durablement dans la préparation, la détection précoce et la réponse rapide aux menaces infectieuses », a déclaré le Dr Humphrey Karamagi, représentant de l’OMS au Soudan du Sud. « Un soutien continu à la reprise et à la résilience est indispensable pour renforcer les systèmes de santé afin de détecter et de répondre efficacement aux futures épidémies de choléra et d’en réduire l’impact. »