As operações do Escritório Regional estão descentralizadas, graças a três Equipas de Apoio Inter-Paíse (IST), localizadas em Harare, Libreville e Ouagadougou. Cada IST é presidida por um Coordenador e reúne uma equipa multidisciplinar. A sua missão consiste em:
Mapa da cobertura das IST
A IST da África Ocidental abrange 17 países: Argélia, Benim, Burkina Faso, Cabo Verde, Côte d'Ivoire, Gâmbia, Gana, Guiné, Guiné Bissau, Libéria, Mali, Mauritânia, Níger, Nigéria, Senegal, Serra Leoa e Togo.
Coordenador: Dr. Bokar Toure
A IST da África Central abtange 11 países: Angola, Burundi, Camarões, República Centrafricana, Chade, República do Congo, República Democrática do Congo, Guiné Equatorial, Gabão, Ruanda, e São Tomé e Príncipe.
Coordenadora: Dr.ª Lucile Imboua
A IST da África oriental e Austral abrange 18 países: Botswana, Comoros, Eritreia, Etiópia, Quénia, Lesoto, Madagáscar, Malawi, Maurícias, Moçambique, Namíbia, África do Sul, Seychelles, Swazilândia, Tanzânia, Uganda, Zâmbia e Zimbabwe.
Coordinator: Dr. Oladapo Walker