Para uma implementação fácil e eficaz do orçamento programa da Organização, o Director Regional Africano da OMS toma decisões visando uma estrutura organizativa e um funcionamento adequados do Secretariado na região. O Secretariado tem três níveis: o Escritório Regional, as Equipas de Apoio Inter-Países e as Representações e Gabinetes de Ligação da OMS nos paises. A estrutura organizativa actual foi adoptada em Abril de 2010.

Equipas de Apoio Inter-Países
As operações do Escritório Regional estão descentralizadas, graças a três Equipas de Apoio Inter-Paíse (IST), localizadas em Harare, Libreville e Ouagadougou.
Mais informação sobre as Equipas de Apoio Inter-Paises
Representações e Gabinetes de Ligação da OMS nos países
As Representações da OMS nos países (WCO) e os Gabinetes de Ligação da OMS nos países (WLO) apoiam os países na consecução das suas metas nacionais para a saúde e contribuem para as catividades regionais e mundiais de saúde pública. Mais informaçao sobre as Representações e Gabinetes de Ligação