Les opérations du Bureau régional sont décentralisées grâce à trois Équipes d’appui interpays (IST), respectivement, basées à Harare, Libreville et Ouagadougou. Chaque IST est dirigée par un Coordonnateur et est composée d’un personnel multidisciplinaire. Les IST ont pour mission:
Carte de la couverture des pays par les IST
L’IST pour l’Afrique de l’Ouest couvre 17 pays: Algérie, Bénin, Burkina Faso, Cap-Vert, Côte d'Ivoire, Gambie, Ghana, Guinée, Guinée-Bissau, Libéria, Mali, Mauritanie, Niger, Nigéria, Sénégal, Sierra Leone et Togo.
Coordonnateur: Dr. Bokar Toure
L’IST pour l’Afrique centrale couvre 11 pays: Angola, Burundi, Cameroun, République centrafricaine, République du Congo, République démocratique du Congo, Guinée équatoriale, Gabon, Rwanda, Sao Tomé-et-Principe et Tchad
Coordonnateur: Dr. Lucile Imboua
L’IST pour l’Afrique australe et orientale couvre 18 pays: Afrique du Sud, Botswana, Comores, Érythrée, Éthiopie, Kenya, Lesotho, Madagascar, Malawi, Maurice, Mozambique, Namibie, Ouganda, Seychelles, Swaziland, Tanzanie, Zambie et Zimbabwe.
Coordonnateur: Dr. Oladapo Walker